水稻种子内生细菌16SrDNA基因高通量测序PCR引物筛选和菌群结构分析
【摘要】 植物内生细菌是重要的微生物新资源。常用细菌16SrDNA基因扩增用的引物与植物叶绿体、线粒体等细胞器DNA序列具有相似性，这给植物内生细菌的高通量测序研究带来了极大挑战。本文研究目的在于排除非目标DNA对种子内生细菌菌群高通量测序的干扰，筛选获得适合分析水稻种子内生细菌的优选引物对，分析水稻种子内生细菌菌群结构。以粳稻品种'日本晴'(Oryzasativaspp.japonica)的种子为材料，以7对常用的细菌16SrDNA基因高通量测序PCR引物为候选序列.利用NCBI数据库与已有植物基因组序列进行生物信息学比对分析，并进行高通量测序试验验证。结果如下:Blast比对分析发现引物对dP1、dP3和dP7与植物细胞器基因序列的同源性较低，预测扩增水稻细胞器及染色体基因组的可能性较小，确定为初筛引物。应用3对初筛引物对水稻种子内生细菌进行IlluminaMiSeq高通量测序，经质量控制(qualitycontrol,QC)、去杂、去细胞器处理，引物对dP7获得的剩余优质reads序列数目分别是d
