樱桃谷鸭ATF4基因SNPs筛查及生物信息学分析
【摘要】 旨在在樱桃谷鸭群体中筛选出转录激活因子4(activvtingtranscriptionfactor4,ATF4)基因突变个体，通过选育而培育具有优质蛋壳品质的优良家禽品种。以樱桃谷鸭为试验对象，构建DNA混合池，利用普通PCR分段扩增得到AF4基因序列,并筛查其单核昔酸多态性(singlenucleotidepolymorphismsites,SNPs)，进行生物信息学分析。结果显示:樱桃谷鸭AF4基因编码区全长1065bp,可编码354个氨基酸,AF4基因编码的蛋白为不稳定的可溶性蛋白，不存在信号肽，有2个N-糖基化位点;ATF4基因CDS区共筛查到4个SNPs,分别是A909G+G636A+G813A和T867A，除T867A是错义突变外，其他3个SNPs均为同义突变,4个SNPs均弓起mRNA二级结构和自由能和基因频率的改变;蛋白质的二级结构和三级结构主要元件为a-螺旋、无规则卷曲和延伸链,T867A突变后蛋白质的二、三级结构均发生了变化，其中a-螺旋、延伸链和#折叠含量均增加，无规则卷曲含量减少。以上研究表明，樱桃
