基于Illumina 高通量测序的马来熊( Helarctos malayanus )粪便菌群多样性初探
【摘要】 应用新一代高通量测序技术IlluminaMiseq对上海动物园3只马来熊的12个粪便样本中的菌群结构及其多样性进行检测和分析。样中共检测到884522条序列，共检测到15个菌门，主要有7个优势菌门，按照多样性高低依次是:厚壁菌门(Firmicutes)(54.70%)、变形菌门(Proteobacteria)(41.90%)、梭杆菌门(Fusobacteria)(1.80%)、蓝藻菌门(Cyanobacteria)(0.70%)、放线菌门(Actinobacteria)(0.20%)、拟杆菌门(Bacte-roidetes)和未定门(TM7)。粪便样本中能够确定到菌属的序列占73.10%,以链球菌属(Streptococcus),大肠杆菌/志贺菌属(Escherichia-Shigella)和梭状杆菌属(Clostridium)为优势菌属。3只马来熊粪便菌群多样性比较:LS02粪便菌群多样性最高，其次是LS01,和LS03。结论:马来熊粪便菌群存在个体差异，但同一个体的优势菌群组成非常相似,年龄和性别可能会对马来熊粪便
